Helicobacter pyloriの除菌療法として，プロトンポンプ阻害薬，アモキシシリン，クラリスロマイシンの3剤併用療法が一般的である．

Helicobacter pyloriの除菌により胃潰瘍・十二指腸潰瘍の再発が大幅に軽減できることから，除菌は標準的な治療になっている． 除菌療法としては①プロトンポンプ阻害薬（ランソプラゾール，オメプラゾール又はラベプラゾールナトリウム），②アモキシシリンと③クラリスロマイシンの3剤併用療法（PPI/AC療法）が一般的である． PPI/AC療法での除菌不成功例に対しては，クラリスロマイシンをメトロニダゾールに変更したPPI/AM療法が承認されている．