フォンダパリヌクスナトリウムは，アンチトロンビンⅢ (ATⅢ) に選択的に結合して，ATⅢによる第Xa因子阻害作用を顕著に増強して血栓の形成を抑制する抗凝血薬であり，ヘパリンとは異なりATⅢによるトロンビン(第Ⅱa因子)阻害作用はほとんど増強しない．